Kościół w Kłaninie istniał już w okresie średniowiecza, co potwierdza protokół wizytacji z 1563, 1567 i 1575 roku związanych z sekularyzacją majątków kościelnych w okresie reformacji. Jego forma, ani lokalizacja nie są znane. Obecny kościół został wzniesiony w konstrukcji szkieletowej w XVIII wieku. Kościół w Kłaninie podlegał synodowi w Bobolicach, a podlegała mu wieś Karsina i Grzybnica.

W końcu XIX ewentualnie na początku XX wieku kościół został przebudowany i zyskał charakter świątyni neogotyckiej. Przedłużono mu nawę w kierunku wschodnim, wzmocniono fundamenty, przebudowano fasadę. Dobudowano też dwa aneksy boczne. Po II wojnie światowej świątynia została przejęta przez kościół katolicki i poświęcona w 29 VI 1947 roku. Początkowo był kościołem filialnym parafii p.w.Wniebowzięcia NMP w Bobolicach.

Od 1970 do 1977 roku podlegał parafii w Wyszewie z siedzibą w Kłaninie. W 1977 roku dekretem biskupim utworzono w Kłaninie samodzielny wikariat, a 6 stycznia 1979 roku erygowano parafię.