Istniejący obecnie kościół, zbudowany został w latach 1865-1886 na miejscu wcześniejszej świątyni, która nosiła wezwanie św. Jana Chrzciciela. Jej budowę zaplanowano już w czasie lokacji miasta, w 1340 r., przyznając biskupom kamieńskim prawo patronatu nad świątynię miejską. Do realizacji budowy doszło jednak dopiero po 1350 r., a jej fundatorem był najprawdopodobniej biskup Jan, który zatwierdził przywileje miejskie Bobolic, w 1350 r. Wzniesiona wówczas budowla, wg. J.Kohtego, była niewielką jednonawową, ceglaną świątynią z prostokątną wieżą.

Kościół ten został znacznie przebudowany w 1631 r.(taka data widniała jeszcze w XIX w. na szczycie wschodnim). W tym okresie był już świątynią protestancką, w której w 1563 r. pojawił się pierwszy pastor. W tym również czasie przeprowadzono pierwszą wizytację kościoła, trwającą do 1564r. a przeprowadzoną przez pastora Johanna Harturga z Baunschweigu.

W 2 połowie XIX w., stary kościół został rozebrany, a na jego miejscu wzniesiono nową neogotycką budowlę, zachowaną do dziś.

W 1935 r. po pd. zachodniej stronie kościoła zbudowano zespół budynków mieszczących m.in. plebanię i kaplicę pomocniczą. Kaplica ta, poświęcona VI 1949 r. otrzymała wezwanie M.B. Częstochowskiej i służy kościołowi greko-katolickiemu. W mieście istniała jeszcze jedna kaplica p.w. św. Krzysztofa, rozebrana w 1950 r.

Główny kościół Bobolic, po 1945 r. stał się ponownie świątynią rzymsko katolicką, parafialną, poświęconą 9. VI 1946 r.