Jedna z nielicznych dwujęzycznych parafii ewangelickich w Polsce. Historia luteranizmu w Słupsku rozpoczyna się wraz z początkiem reformacji. Parafia staroluterańska w Słupsku stała się probostwem w 1857 roku, a pierwszy proboszcz, pochodzący z Badenii Georg Friedrich Haag, objął urząd 1 kwietnia tego roku. 11 listopada, w rocznicę chrztu Marcina Lutra wmurowano kamień węgielny pod budowę kościoła przy ulicy Großer Aucker 40 (obecnie ul. Słowackiego 40).

W wyniku skromnych funduszy starano się jak najbardziej oszczędzać na materiałach, przez co budowany kościół kilkakrotnie się zawalał. Ostatecznie budowę zakończono i kościół poświęcono 28 sierpnia 1859 roku. Georg Haag w maju 1862 roku złożył swój urząd i wrócił do rodzinnej Badenii.

Pod koniec 70. lat XIX wieku liczyła 718 parafian - największą ich liczbę w historii. Jednak na początku lat 80. Słupsk dosięgła fala uchodźstwa. Pod słupskie parafie wiejskie straciły ok 1/5, a parafia miejska 9 % swoich wiernych. Mimo problemów w 1899 roku przy ul. Drewnianej 4 zbudowana została długo wyczekiwana plebania, rozbudowana następnie w 1913 roku. W parafii prężnie działało kilka zgromadzeń.

W 1898 roku bezskutecznie próbowano utworzyć koło młodzieżowe, jednak stale rozwijały się chór kościelny, stowarzyszenie mężczyzn, stowarzyszenie kobiet oraz związek młodych kobiet. Ten ostatni z czasem przeistoczył się w związek młodzieży. W 75 rocznicę wybudowania kościoła w 1937 roku dokonano remontu budynku. Ufundowano nowy ołtarz z drewna dębowego z reliefem przedstawiającym baranka z chorągwią Kościoła.

W 1937 roku proboszczem został Albrecht Stolle. Oprócz pełnienia urzędu w kościele, od 1942 roku w ramach służby wojskowej pracował w administracji w Słupsku. Ostatnie nabożeństwo odbyło się w Boże Narodzenie 1944 roku, po czym Stolle został wysłany na front, a parafię rozwiązano w wyniku uchodźstwa i przesiedleń.

Do 1945 roku w Słupsku działało 9 parafii kościoła Ewangelicko-Unijnego oraz 3 parafie staroluterańskie. Wkroczenie Rosjan do miasta spowodowało koniec Kościoła ewangelickiego w jego dawnych strukturach. Zajęto budynki kościelne, a większość duchownych opuściło miasto. Odbudowa Kościoła luterańskiego na ziemi słupskiej rozpoczęła się w 1947, kiedy to do Słupska przybyli duchowni polskiego Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Z inicjatywy Jana Posmykiewicza utworzono polskojęzyczny zbór skupiający ok. 800 wiernych, głównie przesiedleńców z okolic Suwałk, Warszawy i kresów. Nabożeństwom polskojęzycznym, także dla Słowińców - autochtonicznych mieszkańców Kluk, przewodniczył. ks. Edward Dietz z Sopotu. Po jego przejściu na emeryturę parafią administrowali ks. Michał Warczyński, ks. Tadeusz Raszyk i ks. Paweł Badura. Utworzono trzy filiały: w Bytowie, Lęborku i Koszalinie.

W 1997 roku dokonano znacznych zmian w organizacji Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego na Pomorzu. W miejsce dotychczasowych dwóch parafii o charakterze językowym (polsko i niemieckojęzyczna) utworzono dwie terytorialne: w Słupsku i Koszalinie. Proboszczem-administratorem obydwu parafii został urzędujący w Słupsku ks. Mirosław Sikora. W latach 2002-2005 duszpasterzem parafii był ks. Marcin Makula, a od 2005 roku funkcję tę sprawuje ks. Wojciech Froehlich. Od 2003 roku prowadzony był remont kościoła, a 29 lipca 2007 roku zakończono montaż nowych organów.